| World Heritage Properties | ||
| 1 | 南島 (Minamishimabara), 長崎県, 九州 |  原城跡  Remains of Hara Castle |
| 2 | 平戸 (Hirado), 長崎県, 九州 | 平戸の聖地と集落（春日集落と安満岳） Kasuga Village and Sacred Places in Hirado (Kasuga Village and Mount Yasumandake) |
| 3 | 平戸 (Hirado), 長崎県, 九州 | 平戸の聖地と集落（中江ノ島） Kasuga Village and Sacred Places in Hirado (Nakaenoshima Island) |
| 4 | 天草 (Amakusa), 熊本県, 九州 |  崎津教会（イエスのみ心） Church of the Sacred Heart of Jesus (Sakitsu Church) (天草の﨑津集落 Sakitsu Village in Amakusa) |
| 5 | 長崎 (Nagasaki), 長崎県, 九州 | 出津教会（至聖なるイエズスの聖心） Church of the Sacred Heart of Jesus (Shitsu Church) (外海の出津集落 Shitsu Village in Sotome) |
| 6 | 長崎 (Nagasaki), 長崎県, 九州 | 大野教会（ロザリオの聖母） Church of Our Lady of the Rosary (外海の大野集落 Ono Village in Sotome) |
| 7 | 黒島 (Kuroshima Island), 長崎県, 九州 | 黒島教会（イエスのみ心） Church of the Sacred Heart of Jesus (Kuroshima Church) (黒島の集落 Villages on Kuroshima Island) |
| 8 | 北松浦郡 (Ojika), 長崎県, 九州 | 野崎島の集落跡 Remains of Villages on Nozaki Island |
| 9 | 中通島 (Nakadori Island), 長崎県, 九州 | 頭ヶ島教会（聖ヨセフ） Church of St. Joseph (Kashiragashima Church) (頭ヶ島の集落 Villages on Kashiragashima Island) |
| 10 | 久賀島 (Kuga Island), 長崎県, 九州 | 旧五輪教会堂 Former Gorin Church (久賀島の集落 Villages on Hisaka Island) |
| 11 | 奈留島 (Naru Island), 長崎県, 九州 | 江上教会（聖ヨゼフ） Church of St. Joseph (Egami Church) (奈留島の江上集落（江上天主堂とその周辺） Egami Village on Naru Island (Egami Church and its Surroundings)) |
| 12 | 長崎 (Nagasaki), 長崎県, 九州 |  日本二十六聖殉教者堂（大浦天主堂） Basilica of the Twenty-Six Holy Martyrs of Japan (Oura Church) |
