| Diocese of Fukuoka 福岡教区 | ||
| 1 | 天草 (Amakusa), 熊本県, 九州 |  大江教会（お告げの聖母）  Church of Our Lady of the Annunciation (Ooe Church) |
| 2 | 福岡 (Fukuoka), 福岡県, 九州 |  Cathedral of Our Lady of Victory (Daimyomachi Church) 聖母の勝利司教座聖堂（大名町教会） |
| 3 | 福岡 (Fukuoka), 福岡県, 九州 | 浄水通教会（聖霊） Church of the Holy Spirit (Josuidori Church) |
| 4 | 北九州 (Kitakyushu), 福岡県, 九州 | 小倉教会（被昇天の聖母マリア） Church of Our Lady of the Assumption (Kokura Church) |
| 5 | 熊本 (Kumamoto), 熊本県, 九州 | 島崎教会（幼きイエスの聖テレジア） Church of St. Therese of the Child Jesus (Shimazaki Church) |
| 6 | 久留米 (Kurume), 福岡県, 九州 | 久留米教会（至聖なるイエスのみ心） Church of the Sacred Heart of Jesus (Kurume Church) |
| 7 | 佐賀 (Saga), 佐賀県, 九州 | 佐賀教会（聖ペトロ 聖パウロ） Church of Sts. Peter and Paul (Saga Church) |
| 8 | 八代 (Yatsushiro), 熊本県, 九州 | 八代教会（悲しみの聖母） Church of Our Lady of Sorrows (Yatsushiro Church) |
| Diocese of Hiroshima 広島教区 | ||
| 9 | 広島 (Hiroshima), 広島県, 中国地方 | Cathedral of the Assumption of Mary (Noboricho Church) Memorial Cathedral of World Peace 被昇天の聖母司教座聖堂（幟町教会） 世界平和記念聖堂 |
| 10 | 鹿足郡 (Kanoashi District), 島根県, 中国地方 | 津和野教会（幼きイエズスの聖テレジア） Church of St. Therese of the Child Jesus |
| 11 | 岡山 (Okayama), 岡山県, 中国地方 |  岡山教会（聖ディエゴ喜斎記念聖堂） Shrine of St. Diego Kisai |
| 12 | 山口 (Yamaguchi), 山口県, 中国地方 | 山口教会（聖フランシスコ・ザビエル記念聖堂） Shrine of St. Francis Xavier |
| 13 | 米子 (Yonago), 鳥取県, 中国地方 | 米子教会 Yonago Church |
| Diocese of Kagoshima 鹿児島教区 | ||
| 14 | 奄美大島 (Amami Island), 鹿児島県, 九州 | 名瀬聖心教会（イエスのみ心） Church of the Sacred Heart of Jesus |
| 15 | 鹿児島 (Kagoshima), 鹿児島県, 九州 | Cathedral of St. Francis Xavier (Xavier Church) 聖フランシスコ・デ・ザビエル司教座聖堂（ザビエル教会） |
| 16 | 徳之島 (Tokunoshima Island), 鹿児島県, 九州 | 母間教会（絶えざる御助けの聖母） Church of Our Lady of Perpetual Help |
| Diocese of Kyoto 京都教区 | ||
| 17 | 福知山 (Fukuchiyama), 京都府, 関西地方 | 福知山教会（被昇天の聖母） Church of Our Lady of the Assumption (Fukuchiyama Church) |
| 18 | 京都 (Kyoto), 京都府, 関西地方 | Cathedral of St. Francis Xavier (Kawaramachi Church) 聖フランシスコ・デ・ザビエル司教座聖堂（河原町教会） |
| 19 | 奈良 (Nara), 奈良県, 関西地方 | 奈良教会（聖ペトロ・聖パウロ） Church of Sts. Peter and Paul (Nara Church) |
| 20 | 大津 (Ōtsu), 滋賀県, 関西地方 | 大津教会（湖畔の聖母） Church of Our Lady of the Lake (Ootsu Church) |
| 21 | 鈴鹿 (Suzuka), 三重県, 関西地方 | 鈴鹿教会（ルルドの聖母） Church of Our Lady of Lourdes (Suzuka Church) |
| 22 | 四日市 (Yokkaichi), 三重県, 関西地方 | 四日市教会 Yokkaichi Church |
| 23 | 与謝郡 (Yosa District), 京都府, 関西地方 | 岩滝教会（聖ヨゼフ） Church of St. Joseph (Iwatak Church) |
| Archdiocese of Nagasaki 長崎教区 | ||
| 24 | 福江島 (Fukue Island), 長崎県, 九州 | 打折教会（諸聖人） Church of All Saints |
| 25 | 福江島 (Fukue Island), 長崎県, 九州 | 貝津教会（使徒聖ヨハネ） Church of St. John the Apostle |
| 26 | 福江島 (Fukue Island), 長崎県, 九州 | 福江教会（イエズスの聖心） Church of Sacred Heart |
| 27 | 福江島 (Fukue Island), 長崎県, 九州 | 井持浦教会（ルルド出現の聖母） Church of Our Lady of Lourdes |
| 28 | 平戸 (Hirado), 長崎県, 九州 | 田平教会（日本二十六聖人） Church of the Twenty-Six Martyrs of Japan (Tabira Church) |
| 29 | 平戸 (Hirado), 長崎県, 九州 | 平戸ザビエル記念教会（大天使聖ミカエル） Church of St. Michael the Archangel |
| 30 | 平戸 (Hirado), 長崎県, 九州 | 木ヶ津教会（聖マリアの汚れなき聖心） Church of the Immaculate Heart of Mary |
| 31 | 生月島 (Ikitsuki Island), 長崎県, 九州 | 山田教会（七つの御悲しみの聖母マリア） Church of the Seven Sorrows of the Blessed Virgin Mary |
| 32 | 長崎 (Nagasaki), 長崎県, 九州 | Cathedral of the Immaculate Conception (Urakami Church) 無原罪の聖母司教座聖堂（浦上教会） |
| 33 | 長崎 (Nagasaki), 長崎県, 九州 | 城山教会（慰めの聖母） Church of Our Lady of Consolation |
| 34 | 長崎 (Nagasaki), 長崎県, 九州 | 滑石教会（使徒聖パウロ） Church of St. Paul the Apostle |
| 35 | 長崎 (Nagasaki), 長崎県, 九州 | 大山教会（絶えざる御助けの聖母） Church of Our Lady of Perpetual Help |
| 36 | 長崎 (Nagasaki), 長崎県, 九州 | 中町教会（聖トマス西と十五殉教者） Church of St. Lorenzo Ruiz and companions |
| 37 | 長崎 (Nagasaki), 長崎県, 九州 | 出津教会（至聖なるイエズスの聖心） Church of the Sacred Heart of Jesus (Shitsu Church) |
| 38 | 長崎 (Nagasaki), 長崎県, 九州 | 三ツ山教会（至聖なるイエズスの聖心） Church of the Sacred Heart of Jesus |
| 39 | 長崎 (Nagasaki), 長崎県, 九州 | 岳教会 |
| 40 | 中通島 (Nakadori Island), 長崎県, 九州 | 江袋教会（イエスのみ心） Church of the Sacred Heart of Jesus |
| 41 | 中通島 (Nakadori Island), 長崎県, 九州 | 桐教会（使徒聖ペトロ） Church of St. Peter the Apostle |
| 42 | 中通島 (Nakadori Island), 長崎県, 九州 | 青砂ヶ浦教会（大天使聖ミカエル） Church of St. Michael the Archangel |
| 43 | 沖ノ島 (Okinoshima Island), 長崎県, 九州 | 馬込教会（大天使聖ミカエル） Church of St. Michael the Archangel |
| 44 | 佐世保 (Sasebo), 長崎県, 九州 | 相浦教会（聖ヨゼフ） Church of St. Joseph |
| 45 | 佐世保 (Sasebo), 長崎県, 九州 | 三浦町教会（イエスのみ心） Church of the Sacred Heart of Jesus |
| 46 | 佐世保 (Sasebo), 長崎県, 九州 | 神崎教会（聖ベネディクト） Church of St. Benedict |
| 47 | 島原 (Shimabara), 長崎県, 九州 | 島原教会（日本26聖人殉教者） Church of the Twenty-Six Martyrs of Japan |
| 48 | 若松島 (Wakamatsu Island), 長崎県, 九州 | 土井ノ浦教会（イエスのみ心） Church of the Sacred Heart of Jesus |
| Diocese of Nagoya 名古屋教区 | ||
| 49 | 福井 (Fukui), 福井県, 中部地方 | 福井教会（イエスのみ心の聖マリア） Church of the Immaculate Heart of Mary |
| 50 | 金沢 (Kanazawa), 石川県, 中部地方 | 金沢教会（イエスのみ心） Church of the Sacred Heart of Jesus |
| 51 | 名古屋 (Nagoya), 愛知県, 中部地方 | Cathedral of Sts. Peter and Paul (Nunoike Church) 聖ペトロ・聖パウロ司教座聖堂（布池教会） |
| 52 | 名古屋 (Nagoya), 愛知県, 中部地方 | 主税町教会（被昇天の聖母記念聖堂） Shrine of the Assumption of Mary |
| 53 | 七尾 (Nanao), 石川県, 中部地方 | 七尾教会（聖マリア・ゴレッティ） Church of St. Maria Goretti |
| 54 | 大垣 (Ōgaki), 岐阜県, 中部地方 | 大垣教会（被昇天の聖母） Church of the Assumption of Mary |
| 55 | 富山 (Toyama), 富山県, 中部地方 | 富山教会（聖母の汚れなきみ心） Church of the Immaculate Heart of Mary |
| 56 | 豊橋 (Toyohashi), 愛知県, 中部地方 | 豊橋教会（聖ペトロ） Church of St. Peter |
| 57 | 輪島 (Wajima), 石川県, 中部地方 | 輪島教会（カルメル山の聖母） Church of Our Lady of Mount Carmel |
| Diocese of Naha 那覇教区 | ||
| 58 | 平良 (Hirara), 沖縄県, 九州 | 宮古平良教会（聖パトリック） Church of St. Patrick |
| 59 | 石垣 (Ishigaki), 沖縄県, 九州 | 石垣教会（海の星の聖母） Church of Stella Maris |
| 60 | 名護 (Nago), 沖縄県, 九州 | 名護教会（海の星の聖母） Church of Stella Maris |
| 61 | 那覇 (Naha), 沖縄県, 九州 | Cathedral of the Immaculate Heart of Mary (Kainan Church) 聖母の汚れなきみ心司教座聖堂（開南教会） |
| Diocese of Niigata 新潟教区 | ||
| 62 | 秋田 (Akita), 秋田県, 東北地方 | 秋田教会（聖アウグスチヌス） Church of St. Augustine (Akita Church) |
| 63 | 秋田 (Akita), 秋田県, 東北地方 | 聖体奉仕会修道院 Institute of the Handmaids of the Holy Eucharist (Seitai Hoshikai) (April to July, September to November) |
| 64 | 上越 (Jōetsu), 新潟県, 中部地方 | 高田教会（王であるキリスト） Church of Christ the King (Takada Church) |
| 65 | 長岡 (Nagaoka), 新潟県, 中部地方 | 表町教会（聖ヨセフ） Church of St. Joseph (Nagaokaomotemachi Church) |
| 66 | 新潟 (Niigata), 新潟県, 中部地方 | Cathedral of Christ the King (Niigata Church) 王であるキリスト司教座聖堂（新潟教会） |
| 67 | 山形 (Yamagata), 山形県, 東北地方 | 山形教会（洗礼者聖ヨハネ） Church of St. John the Baptist (Yamagata Church) |
| Diocese of Oita 大分教区 | ||
| 68 | 別府 (Beppu), 大分県, 九州 | 別府教会（扶助者の聖母） Church of Our Lady of Help |
| 69 | 宮崎 (Miyazaki), 宮崎県, 九州 | 宮崎教会（聖ヨセフ） Church of St. Joseph |
| 70 | 大分 (Ōita), 大分県, 九州 | Cathedral of St. Francis Xavier (Oita Church) 聖フランシスコ・デ・ザビエル司教座聖堂（大分教会） |
| 71 | 臼杵 (Usuki), 大分県, 九州 | 野津のルルド 聖母の騎士会恵の聖母修道院 Grotto of Our Lady of Lourdes |
| Archiocese of Osaka–Takamatsu 大阪高松教区 | ||
| 72 | 相生 (Aioi), 兵庫県, 関西地方 | 相生教会（聖マルガリタ・マリア・ア・ラ・コック） Church of St. Margaret Mary Alacoque (Aioi Church) |
| 73 | 阿南 (Anan), 徳島県, 四国 | 阿南教会（希望の聖母） Church of Our Lady of Hope (Anan Church) |
| 74 | 芦屋 (Ashiya), 兵庫県, 関西地方 | 芦屋教会（イエスのみ心） Church of the Sacred Heart of Jesus (Ashiya Church) |
| 75 | 大東 (Daitō), 大阪府, 関西地方 | 大東教会（聖アントニオ・マリア・クラレット） Church of St. Anthony Mary Claret (Daito Church) |
| 76 | 姫路 (Himeji), 兵庫県, 関西地方 | 姫路教会（聖フランシスコ・ザビエル） Church of St. Francis Xavier (Himeji Church) |
| 77 | 泉佐野 (Izumisano), 大阪府, 関西地方 | 泉佐野教会（無原罪の聖母） Church of the Immaculate Conception (Izumisano Church) |
| 78 | 加古川 (Kakogawa), 兵庫県, 関西地方 | 加古川教会（聖母の汚れなきみ心） Church of the Immaculate Heart of Mary (Kakogawa Church) |
| 79 | 岸和田 (Kishiwada), 大阪府, 関西地方 | 岸和田教会（大天使聖ミカエル） Church of St. Michael the Archangel (Kishiwada Church) |
| 80 | 神戸 (Kobe), 兵庫県, 関西地方 | たかとり教会（聖ペトロ） Church of St. Peter (Takatori Church) |
| 81 | 高知 (Kōchi), 高知県, 四国 | 中島町教会（無原罪の聖母） Church of the Immaculate Conception (Nakajimacho Church) |
| 82 | 松山 (Matsuyama), 愛媛県, 四国 | 松山教会（イエスのみ心） Church of the Sacred Heart of Jesus (Matsuyama Church) |
| 83 | 西宮 (Nishinomiya), 兵庫県, 関西地方 |  Former Cathedral of St. Therese (Shukugawa Church) 聖女テレジアに聖堂（夙川教会） |
| 84 | 大阪 (Osaka), 大阪府, 関西地方 | Cathedral of the Immaculate Conception of the Blessed Virgin Mary (Tamatsukuri Church) 聖マリア司教座聖堂（玉造教会） |
| 85 | 大阪 (Osaka), 大阪府, 関西地方 | 大阪梅田教会（聖家族） Church of the Holy Family (Kitano Church) |
| 86 | 堺 (Sakai), 大阪府, 関西地方 | 堺教会（聖ヨセフ） Church of St. Joseph (Sakai Church) |
| 87 | 高松 (Takamatsu), 香川県, 四国 |  Co-Cathedral of the Assumption of the Blessed Virgin Mary (Sakuramachi Church) 被昇天の聖母司教座聖堂（桜町教会） |
| 88 | 高槻 (Takatsuki), 大阪府, 関西地方 | 高槻教会（日本２６聖人殉教者） Church of the Twenty-Six Martyrs of Japan (Takatsuki Church) |
| 89 | 徳島 (Tokushima), 徳島県, 四国 | 徳島教会（聖パウロ三木） Church of St. Paul Miki (Tokushima Church) |
| 90 | 和歌山 (Wakayama), 和歌山県, 関西地方 | 屋形町教会（被昇天の聖母） Church of Our Lady of the Assumption (Yakatamachi Church) |
| Diocese of Saitama さいたま教区 | ||
| 91 | 水戸 (Mito), 茨城県, 関東地方 | 水戸教会（聖家族） Church of the Holy Family (Mito Church) |
| 92 | 太田 (Ota), 群馬県, 関東地方 | 太田教会（聖クララ） Church of St. Clare (Ota Church) |
| 93 | 浦和 (Urawa), 埼玉県, 関東地方 | Cathedral of St. Theresa of the Child Jesus (Urawa Church) 幼いイエスの聖テレジア司教座聖堂（浦和教会） |
| 94 | 宇都宮 (Utsunomiya), 栃木県, 関東地方 | 松が峰教会（聖マリアの誕生） Church of the Nativity of St. Mary (Matsugamine Church) |
| Diocese of Sapporo 札幌教区 | ||
| 95 | 旭川 (Asahikawa), 北海道, 北海道 | 旭川五条教会（被昇天の聖母） Church of Our Lady of the Assumption (Asahikawa 5 Jo Church) |
| 96 | 函館 (Hakodate), 北海道, 北海道 | 宮前町教会（大天使聖ミカエル） Church of St. Michael the Archangel (Miyamaecho Church) |
| 97 | 北見 (Kitami), 北海道, 北海道 | 北見教会（聖ペト口） Church of St. Peter (Kitami Church) |
| 98 | 釧路 (Kushiro), 北海道, 北海道 | 釧路教会（無原罪の聖母マリア） Church of Our Lady of the Immaculate Conception (Kushiro Church) |
| 99 | 帯広 (Obihiro), 北海道, 北海道 | 帯広教会（聖ヨセフ） Church of St. Joseph (Obihiro Church) |
| 100 | 札幌 (Sapporo), 北海道, 北海道 | Cathedral of the Guardian Angels (Kitaiciho Church) 守護の天使司教座聖堂（北一条教会） |
| 101 | 苫小牧 (Tomakomai), 北海道, 北海道 | 苫小牧教会（無原罪の聖母） Church of Our Lady of the Immaculate Conception (Tomakomai Church) |
| Diocese of Sendai 仙台教区 | ||
| 102 | 福島 (Fukushima), 福島県, 東北地方 | 野田町教会（聖母の汚れなきみ心） Church of the Immaculate Heart of Mary |
| 103 | 東磐井郡 (Higashiiwai District), 岩手県, 東北地方 | 旧大籠教会（日本２６聖人殉教者） Church of the Twenty-Six Martyrs of Japan Site of Martyrdom |
| 104 | 弘前 (Hirosaki), 青森県, 東北地方 | 弘前教会（聖トマス・アクィナス） Church of St. Thomas Aquinas (Hirosaki Church) |
| 105 | 盛岡 (Morioka), 岩手県, 東北地方 | 四ツ家教会（聖母の汚れなきみ心） Church of the Immaculate Heart of Mary |
| 106 | 仙台 (Sendai), 宮城県, 東北地方 | Cathedral of Sts. Peter and Paul (Motoderakoji Church) 聖ペトロ・聖パウロ司教座聖堂（元寺小路教会） |
| 107 | 仙台 (Sendai), 宮城県, 東北地方 | 広瀬川殉教碑 Sendai Christian Martyrdom Monument |
| 108 | 登米 (Tome), 宮城県, 東北地方 | 米川教会（無原罪の聖母） Church of Our Lady of the Immaculate Conception |
| Archdiocese of Tokyo 東京教区 | ||
| 109 | 千葉 (Chiba), 千葉県, 関東地方 | 西千葉教会（被昇天の聖母） Church of Our Lady of the Assumption |
| 110 | 調布 (Chōfu), 東京都, 関東地方 | 調布教会（聖ヨハネ・ボスコ） Church of St. John Bosco |
| 111 | 八王子 (Hachiōji), 東京都, 関東地方 | 八王子教会（諸聖人） Church of All Saints |
| 112 | 市原原 (Ichihara), 千葉県, 関東地方 | 五井教会（労働者聖ヨセフ） Church of St. Joseph the Worker |
| 113 | 清瀬 (Kiyose), 東京都, 関東地方 | 秋津教会（主の降誕） Church of the Nativity of Jesus |
| 114 | 清瀬 (Kiyose), 東京都, 関東地方 | 清瀬教会（主の降誕） Church of the Nativity of Jesus |
| 115 | 小平 (Kodaira), 東京都, 関東地方 | 小平教会（聖マリア） Church of Our Lady |
| 116 | 松戸 (Matsudo), 千葉県, 関東地方 | 松戸教会（大天使聖ミカエル） Church of St. Michael the Archangel |
| 117 | 東京 (Tokyo), 東京都, 関東地方 | Cathedral of St. Mary of the Immaculate Conception (Sekiguchi Church) 聖マリア司教座聖堂（関口教会） |
| 118 | 東京 (Tokyo), 東京都, 関東地方 | Former Cathedral of St. Joseph 聖ヨゼフ聖堂（築地教会） |
| 119 | 東京 (Tokyo), 東京都, 関東地方 | 北町教会（聖アンドレ） Church of St. Andrew |
| 120 | 東京 (Tokyo), 東京都, 関東地方 | 高輪教会（殉教者の元后） Takanawa Church of the Queen of Martyrs |
| 121 | 東京 (Tokyo), 東京都, 関東地方 | 麹町教会（聖イグナチオ） Church of St. Ignatius |
| 122 | 東京 (Tokyo), 東京都, 関東地方 | 関町教会（幼きイエスの聖テレジア） Church of St. Therese of the Infant Jesus |
| 123 | 東京 (Tokyo), 東京都, 関東地方 | 神田教会（聖フランシスコ・ザビエル） Church of St. Francis Xavier |
| Diocese of Yokohama 横浜教区 | ||
| 124 | 横浜 (Yokohama), 神奈川県, 関東地方 | Cathedral of the Sacred Heart (Yamate Church) イエスのみ心司教座聖堂（山手教会） |
