| Diocese of Sapporo 札幌教区 | ||
| 1 | 旭川 (Asahikawa), 北海道, 北海道 |  旭川五条教会（被昇天の聖母）  Church of Our Lady of the Assumption (Asahikawa 5 Jo Church) |
| 2 | 函館 (Hakodate), 北海道, 北海道 | 宮前町教会（大天使聖ミカエル） Church of St. Michael the Archangel (Miyamaecho Church) |
| 3 | 北見 (Kitami), 北海道, 北海道 | 北見教会（聖ペト口） Church of St. Peter (Kitami Church) |
| 4 | 根室 (Nemuro), 北海道, 北海道 | 根室教会（アシジの聖フランシスコ） Church of St. Francis of Assisi (Nemuro Church) |
| 5 | 帯広 (Obihiro), 北海道, 北海道 | 帯広教会（聖ヨセフ） Church of St. Joseph (Obihiro Church) |
| 6 | 札幌 (Sapporo), 北海道, 北海道 |  Cathedral of the Guardian Angels (Kitaiciho Church) 守護の天使司教座聖堂（北一条教会） |
| 7 | 苫小牧 (Tomakomai), 北海道, 北海道 | 苫小牧教会（無原罪の聖母） Church of Our Lady of the Immaculate Conception (Tomakomai Church) |
| Diocese of Sendai 仙台教区 | ||
| 8 | 福島 (Fukushima), 福島県, 東北地方 | 野田町教会（聖母の汚れなきみ心） Church of the Immaculate Heart of Mary |
| 9 | 東磐井郡 (Higashiiwai District), 岩手県, 東北地方 | 大籠教会（日本２６聖人殉教者） Church of the Twenty-Six Martyrs of Japan |
| 10 | 弘前 (Hirosaki), 青森県, 東北地方 | 弘前教会（聖トマス・アクィナス） Church of St. Thomas Aquinas (Hirosaki Church) |
| 11 | 南相馬 (Minamisōma), 福島県, 東北地方 | 原町教会（ファチマの聖母） Church of Our Lady of Fatima (Haramachi Church) |
| 12 | 盛岡 (Morioka), 岩手県, 東北地方 | 四ツ家教会（聖母の汚れなきみ心） Church of the Immaculate Heart of Mary |
| 13 | 大崎 (Ōsaki), 宮城県, 東北地方 | 古川教会（洗礼者聖ヨハネ） Church of St. John the Baptist (Furukawa Church) |
| 14 | 奥州 (Ōshū), 岩手県, 東北地方 | 水沢教会（洗礼者聖ヨハネ） Church of St. John the Baptist (Mizusawa Church) |
| 15 | 仙台 (Sendai), 宮城県, 東北地方 | Cathedral of Sts. Peter and Paul (Motoderakoji Church) 聖ペトロ・聖パウロ司教座聖堂（元寺小路教会） |
| 16 | 十和田 (Towada), 青森県, 東北地方 | 十和田教会（イエスのみ心） Church of the Sacred Heart of Jesus (Towada Church) |
| Diocese of Niigata 新潟教区 | ||
| 17 | 秋田 (Akita), 秋田県, 東北地方 | 秋田教会（聖アウグスチヌス） Church of St. Augustine (Akita Church) |
| 18 | 上越 (Jōetsu), 新潟県, 中部地方 | 高田教会（王であるキリスト） Church of Christ the King (Takada Church) |
| 19 | 新潟 (Niigata), 新潟県, 中部地方 | Cathedral of Christ the King (Niigata Church) 王であるキリスト司教座聖堂（新潟教会） |
| 20 | 山形 (Yamagata), 山形県, 東北地方 | 山形教会（洗礼者聖ヨハネ） Church of St. John the Baptist (Yamagata Church) |
| Diocese of Saitama さいたま教区 | ||
| 21 | 前橋 (Maebashi), 群馬県, 関東地方 | 前橋教会（カルメル山の聖母） Church of Our Lady of Mount Carmel (Maebashi Church) |
| 22 | 水戸 (Mito), 茨城県, 関東地方 | 水戸教会（聖家族） Church of the Holy Family (Mito Church) |
| 23 | 浦和 (Urawa), 埼玉県, 関東地方 | Cathedral of St. Theresa of the Child Jesus (Urawa Church) 幼いイエスの聖テレジア司教座聖堂（浦和教会） |
| 24 | 宇都宮 (Utsunomiya), 栃木県, 関東地方 | 松が峰教会（聖マリアの誕生） Church of the Nativity of St. Mary (Matsugamine Church) |
| Archdiocese of Tokyo 東京大司教区 | ||
| 25 | 千葉 (Chiba), 千葉県, 関東地方 | 西千葉教会（被昇天の聖母） Church of Our Lady of the Assumption |
| 26 | 八王子 (Hachiōji), 東京都, 関東地方 | 八王子教会（諸聖人） Church of All Saints |
| 27 | 東京 (Tokyo), 東京都, 関東地方 | Cathedral of St. Mary of the Immaculate Conception (Sekiguchi Church) 聖マリア司教座聖堂（関口教会） |
| 28 | 東京 (Tokyo), 東京都, 関東地方 |  Former Cathedral of St. Joseph 聖ヨゼフ聖堂（築地教会） |
| 29 | 東京 (Tokyo), 東京都, 関東地方 | 麹町教会（聖イグナチオ） Church of St. Ignatius |
| 30 | 東京 (Tokyo), 東京都, 関東地方 | 神田教会（聖フランシスコ・ザビエル） Church of St. Francis Xavier |
| Diocese of Yokohama 横浜教区 | ||
| 31 | 浜松 (Hamamatsu), 静岡県, 中部地方 | 浜松教会（アシジの聖フランシスコ） Church of St. Francis of Assisi |
| 32 | 横浜 (Yokohama), 神奈川県, 関東地方 | Cathedral of the Sacred Heart (Yamate Church) イエスのみ心司教座聖堂（山手教会） |
| Diocese of Nagoya 名古屋教区 | ||
| 33 | 福井 (Fukui), 福井県, 中部地方 | 福井教会（イエスのみ心の聖マリア） Church of the Immaculate Heart of Mary |
| 34 | 金沢 (Kanazawa), 石川県, 中部地方 | 金沢教会（イエスのみ心） Church of the Sacred Heart of Jesus |
| 35 | 美濃加茂 (Minokamo), 岐阜県, 中部地方 | 美濃加茂教会（日本26聖人殉教者） Church of the 26 Holy Martyrs of Japan |
| 36 | 名古屋 (Nagoya), 愛知県, 中部地方 | Cathedral of Sts. Peter and Paul (Nunoike Church) 聖ペトロ・聖パウロ司教座聖堂（布池教会） |
| 37 | 名古屋 (Nagoya), 愛知県, 中部地方 | 南山教会（聖十字架） Church of the Holy Cross |
| 38 | 多治見 (Tajimi), 岐阜県, 中部地方 | 多治見教会（聖霊） Church of the Holy Spirit |
| 39 | 東海 (Tōkai), 愛知県, 中部地方 | 東海教会（無原罪の聖母） Church of St. Mary Immaculate |
| 40 | 富山 (Toyama), 富山県, 中部地方 | 富山教会（聖母の汚れなきみ心） Church of the Immaculate Heart of Mary |
| 41 | 豊橋 (Toyohashi), 愛知県, 中部地方 | 豊橋教会（聖ペトロ） Church of St. Peter |
| Diocese of Kyoto 京都教区 | ||
| 42 | 福知山 (Fukuchiyama), 京都府, 関西地方 | 福知山教会（被昇天の聖母） Church of Our Lady of the Assumption (Fukuchiyama Church) |
| 43 | 京都 (Kyoto), 京都府, 関西地方 | Cathedral of St. Francis Xavier (Kawaramachi Church) 聖フランシスコ・デ・ザビエル司教座聖堂（河原町教会） |
| 44 | 鈴鹿 (Suzuka), 三重県, 関西地方 | 鈴鹿教会（ルルドの聖母） Church of Our Lady of Lourdes (Suzuka Church) |
| Archdiocese of Osaka 大阪大司教区 | ||
| 45 | 姫路 (Himeji), 兵庫県, 関西地方 |  仁豊野ヴィラ |
| 46 | 大阪 (Osaka), 大阪府, 関西地方 | Cathedral of the Immaculate Conception of the Blessed Virgin Mary (Tamatsukuri Church) 聖マリア司教座聖堂（玉造教会） |
| Diocese of Hiroshima 広島教区 | ||
| 47 | 広島 (Hiroshima), 広島県, 中国地方 | Cathedral of the Assumption of Mary (Noboricho Church) Memorial Cathedral of World Peace 被昇天の聖母司教座聖堂（幟町教会） 世界平和記念聖堂 |
| 48 | 鹿足郡 (Kanoashi District), 島根県, 中国地方 | 津和野教会（幼きイエズスの聖テレジア） Church of St. Therese of the Child Jesus |
| 49 | 岡山 (Okayama), 岡山県, 中国地方 | 岡山教会（聖ディエゴ喜斎） Church of St. Diego Kisai |
| 50 | 山口 (Yamaguchi), 山口県, 中国地方 | 山口教会（聖フランシスコ・ザビエル） Church of St. Francis Xavier |
| 51 | 米子 (Yonago), 鳥取県, 中国地方 | 米子教会 |
| Diocese of Takamatsu 高松教区 | ||
| 52 | 高知 (Kōchi), 高知県, 四国 | 中島町教会（無原罪の聖母） Church of the Immaculate Conception (Nakajimacho Church) |
| 53 | 松山 (Matsuyama), 愛媛県, 四国 | 松山教会（イエスのみ心） Church of the Sacred Heart of Jesus (Matsuyama Church) |
| 54 | 高松 (Takamatsu), 香川県, 四国 |  Co-Cathedral of the Assumption of the Blessed Virgin Mary (Sakuramachi Church) 被昇天の聖母司教座聖堂（桜町教会） |
| 55 | 徳島 (Tokushima), 徳島県, 四国 | 徳島教会（聖パウロ三木） Church of St. Paul Miki (Tokushima Church) |
| Diocese of Fukuoka 福岡教区 | ||
| 56 | 福岡 (Fukuoka), 福岡県, 九州 | Cathedral of Our Lady of Victory (Daimyomachi Church) 聖母の勝利司教座聖堂（大名町教会） |
| 57 | 佐賀 (Saga), 佐賀県, 九州 | 佐賀教会（聖ペトロ 聖パウロ） Church of Sts. Peter and Paul (Saga Church) |
| Archdiocese of Nagasaki 長崎大司教区 | ||
| 58 | 福江島 (Fukue Island), 長崎県, 九州 | 福江教会（イエズスの聖心） Church of Sacred Heart |
| 59 | 平戸 (Hirado), 長崎県, 九州 | 平戸ザビエル記念教会（大天使聖ミカエル） Church of St. Michael the Archangel |
| 60 | 長崎 (Nagasaki), 長崎県, 九州 | Cathedral of the Immaculate Conception (Urakami Church) 無原罪の聖母司教座聖堂（浦上教会） |
| 61 | 長崎 (Nagasaki), 長崎県, 九州 |  Basilica of the Twenty-Six Holy Martyrs of Japan (Oura Church) 日本二十六聖殉教者堂（大浦天主堂） |
| 62 | 長崎 (Nagasaki), 長崎県, 九州 |  National Shrine of the Twenty-Six Martyrs of Japan 日本二十六聖人西坂の殉教地 |
| 63 | 長崎 (Nagasaki), 長崎県, 九州 | 西坂教会（聖フィリポ） Church of St. Philip (Nishizaka Church) |
| 64 | 長崎 (Nagasaki), 長崎県, 九州 | 滑石教会（使徒聖パウロ） Church of St. Paul the Apostle |
| 65 | 長崎 (Nagasaki), 長崎県, 九州 | 中町教会（聖トマス西と十五殉教者） Church of St. Lorenzo Ruiz and companions |
| 66 | 中通島 (Nakadori Island), 長崎県, 九州 | 青方教会（聖家族） Church of the Holy Family |
| 67 | 佐世保 (Sasebo), 長崎県, 九州 | 相浦教会（聖ヨゼフ） Church of St. Joseph |
| Diocese of Oita 大分教区 | ||
| 68 | 姫路 (Himeji), 兵庫県, 関西地方 | 仁豊野ヴィラ |
| 69 | 宮崎 (Miyazaki), 宮崎県, 九州 | 宮崎教会（聖ヨセフ） Church of St. Joseph |
| 70 | 大分 (Ōita), 大分県, 九州 | Cathedral of St. Francis Xavier (Oita Church) 聖フランシスコ・デ・ザビエル司教座聖堂（大分教会） |
| 71 | 臼杵 (Usuki), 大分県, 九州 |  野津のルルド 聖母の騎士会恵の聖母修道院 Grotto of Our Lady of Lourdes |
| Diocese of Kagoshima 鹿児島教区 | ||
| 72 | 奄美大島 (Amami Island), 鹿児島県, 九州 | 名瀬聖心教会（イエスのみ心） Church of the Sacred Heart of Jesus |
| 73 | 鹿児島 (Kagoshima), 鹿児島県, 九州 | Cathedral of St. Francis Xavier (Xavier Church) 聖フランシスコ・デ・ザビエル司教座聖堂（ザビエル教会） |
| 74 | 徳之島 (Tokunoshima Island), 鹿児島県, 九州 | 母間教会（絶えざる御助けの聖母） Church of Our Lady of Perpetual Help |
| Diocese of Naha 那覇教区 | ||
| 75 | 平良 (Hirara), 沖縄県, 九州 | 宮古平良教会（聖パトリック） Church of St. Patrick |
| 76 | 石垣 (Ishigaki), 沖縄県, 九州 | 石垣教会（海の星の聖母） Church of Stella Maris |
| 77 | 那覇 (Naha), 沖縄県, 九州 | Cathedral of the Immaculate Heart of Mary (Kainan Church) 聖母の汚れなきみ心司教座聖堂（開南教会） |
| 78 | 那覇 (Naha), 沖縄県, 九州 | 安里教会（病人の快復なる聖マリア） Church of Our Lady of Consolation of the Sick |
