| 中部地方 (Chūbu) |
| 名古屋 (Nagoya), 愛知県 |  Cathedral of Sts. Peter and Paul (Nunoike Church)  |
| 新潟 (Niigata), 新潟県 | Cathedral of Christ the King (Niigata Church) |
| 中国地方 (Chūgoku) |
| 広島 (Hiroshima), 広島県 | Cathedral of the Assumption of Mary (Noboricho Church) |
| 北海道 (Hokkaidō) |
| 函館 (Hakodate), 北海道 |  Church of Our Lady of the Immaculate Conception (Motomachi Church) |
| 札幌 (Sapporo), 北海道 | Cathedral of the Guardian Angels (Kitaiciho Church) |
| 関西地方 (Kansai) |
| 京都 (Kyoto), 京都府 | Cathedral of St. Francis Xavier (Kawaramachi Church) |
| 西宮 (Nishinomiya), 兵庫県 | Former Cathedral of St. Therese (Shukugawa Church) |
| 大阪 (Osaka), 大阪府 | Cathedral of the Immaculate Conception of the Blessed Virgin Mary (Tamatsukuri Church) |
| 関東地方 (Kantō) |
| 東京 (Tokyo), 東京都 | Cathedral of St. Mary of the Immaculate Conception (Sekiguchi Church) |
| 東京 (Tokyo), 東京都 | Former Cathedral of St. Joseph |
| 浦和 (Urawa), 埼玉県 | Cathedral of St. Theresa of the Child Jesus (Urawa Church) |
| 横浜 (Yokohama), 神奈川県 | Cathedral of the Sacred Heart (Yamate Church) |
| 九州 (Kyūshū) |
| 鹿児島 (Kagoshima), 鹿児島県 | Cathedral of St. Francis Xavier (Xavier Church) |
| 久賀島 (Kuga Island), 長崎県 |  旧五輪教会堂 |
| 中通島 (Nakadori Island), 長崎県 | 頭ヶ島教会（聖ヨセフ） |
| 奈留島 (Naru Island), 長崎県 | 江上教会（聖ヨゼフ） |
| 天草 (Amakusa), 熊本県 | 崎津教会（イエスのみ心） |
| 福岡 (Fukuoka), 福岡県 | Cathedral of Our Lady of Victory (Daimyomachi Church) |
| 黒島 (Kuroshima Island), 長崎県 | 黒島教会（イエスのみ心） |
| 長崎 (Nagasaki), 長崎県 | Cathedral of the Immaculate Conception (Urakami Church) |
| 長崎 (Nagasaki), 長崎県 |  Basilica of the Twenty-Six Holy Martyrs of Japan (Oura Church) |
| 長崎 (Nagasaki), 長崎県 | 大野教会（ロザリオの聖母） |
| 長崎 (Nagasaki), 長崎県 | 出津教会（至聖なるイエズスの聖心） |
| 長崎 (Nagasaki), 長崎県 |  National Shrine of the Twenty-Six Martyrs of Japan |
| 那覇 (Naha), 沖縄県 | Cathedral of the Immaculate Heart of Mary (Kainan Church) |
| 大分 (Ōita), 大分県 | Cathedral of St. Francis Xavier (Oita Church) |
| 四国 (Shikoku) |
| 高松 (Takamatsu), 香川県 |  Co-Cathedral of the Assumption of the Blessed Virgin Mary (Sakuramachi Church) |
| 東北地方 (Tōhoku) |
| 仙台 (Sendai), 宮城県 | Cathedral of Sts. Peter and Paul (Motoderakoji Church) |
